协和医院东单院区和西单院区的区别如下：

1 重点科室不同：大部分科室在东院（东单），西院（西单）主要是免疫内科，乳腺外科和整形外科

2 两个院区的历史不同：北京协和医院东区是老协和医院；西院是合并了原邮电医院形成的。

3 国际医疗不同：协和西单院区有国际医疗，东单院区没有。