成人教育毕业生的档案应该妥善存放，并按照以下建议进行处理：

1. 档案整理：对毕业生的档案进行清理和整理，确保只保留必要的文件和记录。删除或销毁无关紧要或过时的文件。

2. 填写清单：制作档案清单，记录每个毕业生的相关文件和资料，以便查询和管理。

3. 文件分类：将档案根据类别进行分类，例如个人基本信息、学历证书、学习成绩、培训证书等。

4. 文件储存：选择合适的储存介质，可以将文件分别存储在纸质档案室或电子档案系统中。注意保护文件的安全性和机密性。

5. 文件备份：对电子档案进行定期备份，以防止文件丢失或损坏。

6. 存放环境：确保档案的存放环境干燥、通风，并且远离火源、湿度和直接阳光照射。

7. 存档期限：根据相关法规和规定，确定档案存留的时间，并按照规定进行存档和销毁。

8. 访问控制：建立档案的访问控制机制，确保只有授权人员可以访问和处理