港澳通行证一年两次和三个月的主要的区别就是有效期的长短。一年两次签注的话，是指在一年内可以赴香港或者澳门2次。每次逗留不超过7天，一年时间到期后就要重新申请签注；三个月一次是指有效期是三个月，在三个月内只能赶赴香港或者澳门一次，逗留时间不超过7天，过了三个月的期限，再去香港或澳门的话要重新申请签注。

其实没有什么太大的区别,三个月一次和一年二次的区别仅于一个使用的有效期,只要去使用过了,都可以在使用完的一个月之后办理续签...