真核细胞与原核细胞最根本的区别可以归纳为两条：第一是细胞膜系统的分化与演变。

真核细胞以内膜系统的特化为基础，首先分化为两个独立的部分——细胞核与细胞质，细胞质内又以膜系统为基础分隔为结构更精细、功能更专一的单位——各种细胞器。

细胞内部结构与职能的分工是真核细胞区别于原核细胞的重要标志。

第二是遗传信息量与遗传装置的扩增与复杂化。

真核细胞的体积比原核细胞大得多。