太原蒙山大佛的头在发现时已经不知去向。据专家推测，佛头可能受到了历史变迁和自然灾害的影响，如战争、风雨侵蚀等，导致佛头部分损毁和遗失。

在2007年起的蒙山大佛保护和开发过程中，参考太原出土的北齐佛头，新修了一个高12米的佛头，安置在原址上。所以，现在蒙山大佛的头部是经过修复的。