长春市二次供水水费由长春市自来水集团公司收取。这是因为自来水集团公司掌握着长春市的自来水资源，而二次供水是指在原来的自来水基础之上进行二次加工和再分配，因此自来水集团公司也代管了长春市的二次供水，最终负责收取水费。需要注意的是，二次供水的收费标准与自来水的标准略有不同，具体情况可通过自来水集团公司进行查询。