首先，当玻璃切割机器y轴伺服报警时，首先要停止机器运行，并断开电源。

然后检查y轴伺服系统的电缆连接是否松动或损坏，及时修复或更换。

接着检查y轴伺服驱动器和编码器是否有故障，必要时进行维修或更换。

最后，重新连接电源，进行系统复位和校准，确保y轴伺服系统正常运行。若问题依然存在，建议联系专业的维修人员进行进一步的检查和处理。