当对方说“在加班呢”，我们可以这样回复：

“哦，原来你在加班，那一定很辛苦。记得要保重身体，别太晚休息。等你有空的时候我们可以再聊。”

这样的回复表达了我们对对方加班的理解和关心，同时也表示了我们愿意在对方有空的时候再进行交流。

首先，我们表达了对对方加班的理解，这样可以让对方感到我们在乎他们的工作和生活状态。其次，我们表示了关心，提醒对方要注意身体，别太晚休息。这是对人的尊重和关心，能够拉近彼此的距离。最后，我们表示愿意在对方有空的时候再交流，这样既不会打扰对方工作，也表达了我们愿意和对方保持联系的意愿。

这么晚还在加班，那自己注意点身体啊，不要太累了。