据官方网站消息，南京市疾控中心与卫生监督所并未合并，而是在职能上进行了整合和优化，共同承担公共卫生、预防控制、医学检验、监督管理等工作任务。南京市政府强调，此举是为了提高精细化管理水平，实现资源优化配置，提高基层健康防控工作效能。合并不仅仅是企业、组织的重组，更应以提高公众健康为目标，尽力推动各项民生工作的实现。

目前，南京市疾控与卫生监督所尚未合并。

2019年，南京市卫生监督所从原来的南京市卫生计生监督所独立出来，成为独立的监督机构，并未涉及南京市疾控中心。但是，南京市卫生监督所和南京市疾控中心都是南京市卫生健康委员会所属的事业单位，二者之间存在着密切的合作与联系。