南京站到珍珠泉最快的方式是乘坐地铁1号线和地铁3号线，具体步骤如下：

1. 在南京站地铁站乘坐1号线（南京南站方向）前往鼓楼站，需要乘坐5站，大约需要10分钟。

2. 在鼓楼站换乘地铁3号线（南京南站方向）前往珍珠泉站，需要乘坐8站，大约需要16分钟。

3. 在珍珠泉站下车，从6号出口出站即可到达珍珠泉。

总共需要乘坐13站，大约需要26分钟左右。具体时间视乘坐时间和客流情况而定。