三方协议电子版生成后，可以通过以下步骤申请撤销：

1. 学生需要向原用人单位提出申请，经过协商取得用人单位的同意后，由用人单位出具同意解除三方协议的函件。

2. 毕业生持用人单位提供的函件向学校的就业指导中心提出领取新三方协议的申请。

3. 学校就业指导中心对毕业生提交的资料进行审核，如果符合相关规定，则同意解除三方协议，并向应届生发放新的三方协议。需要注意的是，三方协议一旦签署，任何一方不得擅自解除。如果违约方需要解除协议，必须经过用人单位的同意并出具相应的函件。同时，如果学生在上一家单位回传协议书并审核通过后需要提交解约申请，必须通过微信小程序-电子就业协议栏目申请解约并上传解约函，院校审核通过后才可以申请新的电子协议书。