要申请入驻重庆的企业孵化器，首先需要选择合适的孵化器，可以通过网络搜索或咨询当地相关机构了解信息。

然后，准备好申请材料，包括企业资质、商业计划书、财务状况等。

接下来，联系孵化器管理方，提交申请并进行面试。面试通过后，签订入驻协议并缴纳相关费用。

最后，按照孵化器的要求完成入驻手续，开始享受孵化器提供的资源和支持。