签证拿到了以后从哪里出发完全是你个人自己决定的。

你想从哪出发都可以，目前主要海关就是北京，上海，广州之类的大城市。不存在在哪个城市办签证就从哪里出发，我在北京办的签证，从北京上海都出发过。