从莆田市区到湄洲岛坐船大约需要20分钟。莆田市区到文甲码头的自驾或打车时间约为50分钟，而从文甲码头到湄洲岛的轮渡时间约为20分钟。因此，从莆田市区到湄洲岛的总行程时间约为1小时30分钟。

轮渡的具体时间可能会受到天气和季节的影响，建议在出发前查询相关信息，以免耽误行程。