主要是签订的合同不同。

公转商贴息贷款不影响借款人公积金贷款权益，即其贷款申请方式、贷款利率、贷款额度、贷款期限、还贷提取方式，贷款信息变更方式均与公积金贷款相同。不同之处在于签订的借款合同，公积金贷款借款人签订《住房公积金借款合同》，公转商贴息贷款借款人签订《个人住房公积金贴息借款合同》。