当遇到对招标文件的质疑时，可以按照以下步骤进行处理：

1.接收质疑：确保有专门的渠道和人员负责接收质疑文件或信息，并记录质疑的提出时间、提出人、质疑内容等相关信息。

2.审查质疑：对质疑内容进行仔细审查，判断质疑是否符合法律法规和招标文件的规定。例如，质疑是否在规定的时间内提出，质疑的内容是否具体、明确等。

3.组织调查：如果质疑内容需要进一步调查核实，应组织相关人员进行调查。调查的内容可能包括招标文件的编制过程、招标程序的执行情况、相关条款的合理性等。

4.答复质疑：根据审查和调查的结果，及时对质疑进行答复。答复应书面形式进行，并确保答复内容准确、清晰、完整。答复内容应包括对质疑的分析和判断、处理结果以及相关的依据和理由。

5.保持沟通：在处理质疑的过程中，应与质疑人保持沟通，及时告知质疑处理的进展情况，听取质疑人的意见和建议。

6.记录存档：将质疑的处理过程和结果进行详细记录，并将相关文件和资料进行存档，以备后续查阅和参考。

需要注意的是，在处理招标文件的质疑时，应严格遵守相关法律法规和招标文件的规定，确保处理过程的公平、公正、公开。同时，应尽量在规定的时间内完成质疑的处理，避免影响招标项目的正常进行。