从普陀山回上海自驾，想要过路费最低，可以选择以下路线：

从普陀山出发，沿舟山连岛高速公路行驶，经宁波跨海大桥，然后进入上海。

在上海区域内，可以选择性走一些不收费的公路或快速路，以降低过路费。

需要注意的是，以上路线仅供参考，具体路线和费用还需根据实际情况选择和计算。