母猫配种时不配合可能还处于发情前期，需要等待最佳的配种时间。

也有可能是因为母猫抵触身体接触，主人可以让母猫与公猫多相处一会。如果主人不想错过最佳配种时机，可以考虑进行人工授精。如果母猫处于发情前期，还没到发情中后期，那它会不愿意进行配种，这时主人需要再等等，等到了最佳的配种时间再试试。有些母猫对异性比较敏感，会抗拒公猫的身体接触，这时主人可以先让母猫与公猫单独相处一段时间，磨合一下感情，然后再进行配种。对于不让配的母猫，主人还可以考虑带母猫去宠物医院进行人工授精，采集公猫的精子后直接打入母猫的子宫里。