可以将钱存入，要扣款的公积金账户，就可以完成扣款。是否算逾期要视情况而定：

1、如果是还款银行卡在扣款时，没有足够余额造成扣款失败，那么就算逾期，因此还款日前保证卡内余额充足非常必要，可以避免逾期影响征信；

2、如果卡内余额充足，是银行原因造成扣款失败，则不属于逾期。

个人交公积金余额不足时会从绑定的银行卡中扣款。具体如下：办理了公积金贷款，并办理了公积金冲还贷业务后，如果客户的公积金账户里余额不够扣了，届时银行将从客户绑定的还款银行卡里进行补扣。因此，客户及时往还款银行卡里充钱，保证卡片资金充足以及状态正常即可。