南京公寓维修基金的计算方法通常按照购房款的2-3%的比例向售房单位（开发商）交纳。这部分基金为全体业主共同所有，不计入住宅销售收入。具体计算方法有两种：定额计算法：根据住房建筑面积、建筑结构类型和物业管理等级，每平方米每年缴纳一定金额的维修基金。比例计算法：根据小区实际需要维修的费用总额，在业主大会中按照业主所持有的房屋面积或价值进行比例分摊，确定每个业主应缴纳的维修基金。为了保障业主利益，计算方法应纳入业主大会议定书，并在业主大会上进行公示和审议，确保计算过程公开透明，符合法律法规要求。