查询北京医保卡余额有三条途径。

1、持北京医保存折到北京银行任意一家营业点，让柜台工作人员帮忙查询余额。

2、持北京医保存折到北京任意一家营业点，通过自助设备查询余额。

3、将北京医保存折与北京银行卡进行关联，关联后通过北京银行的手机银行查询北京银行卡，即可得知余额。