邳州高铁站房总建筑面积14996平方米，地上二层、地下局部一层；建筑高度为23.77米。目前，站房建设已完工， 内部装饰即将结束。

高铁邳州东站站房总建筑面积14987.47平方米，另设地下出站通道、出站厅及附属用房的建筑面积为5613平方米。