农民工工资保证金比例根据工程合同价款的不同有所不同，比例主要有2%、3%、4%、5%。

(一)工程合同价款在100(不含100万)万元以下的，按工程合同价款的5%预存;工程合同价款在100万以上至200万元的(含100万元)，按工程合同价款的4%预存;工程合同价款在200万元至500(含200万)万元的，按工程合同价款的3%预存;工程合同价款在500万元以上的(含500万)，按工程合同价款的2%预存。

工程劳务保证金标准按劳务资质管理规定要求，一般不超过劳务费的2.5%。