在特殊情况下高三学生毕业档案会被普通高等学校的档案管理部门退回。这种情况一般是被高校录取了但不去新生报到注册，超过普通高等学校的入学时间以后档案才会退。被高校录取了但不想去那个学校读，档案过了规定的时间会自动退回。