南阳医专的前身是创办于1951年的南阳卫校。

2004年经国家教育部批准升格为南阳医学高等专科学校。

2006年南阳市委市政府对南阳医学教育资源进行整合，将张仲景国医大学、南阳中医药学校连并入南阳医学高等专科学校，形成了中医日渐厚重、中西医并举、医药护技齐全的办学格局