是否属于个人独资企业并不会因此影响到你们之间的合伙协议。

因为个人独资企业是对外，就是说是你们在工商局登记时选择的是以个人独资企业名义登记；而合伙协议是对内，是针对你们几个合伙人之间的约定，属于内部约定，只要你们签名了它就是有效的，对你们合伙人之间有法律效力。所以你不要担心