可以刷医保卡。因为在中国，国家实施医保制度，药店也需要与社会保险机构对接，接受医保卡支付。昌平区作为北京市区的一个较为发达的地区，其药店也需要遵守国家的医保政策，因此昌平区的药店一般都可以刷医保卡。需要注意的是，不同药店有不同的医保服务协议，建议在使用医保卡前，先咨询清楚药店的医保政策，以免产生不必要的麻烦。同时，近年来越来越多的药店开始推行电子支付，如微信支付、支付宝等，也为消费者提供更加便捷和安全的支付方式。