钦州东站站房共分3层，1层为架空层。钦州东站周边配套有站前广场、公交站场、社会车辆停车场以及出租车停车场等附属设施。

2014年1月19日，钦州东站新站房投入使用，钦州东站综合客运枢纽包括客运中心、汽车检测中心、维修中心、商铺兼管理用房、洗车台、公交站及相关配套设施。