1、进项税长期大于销项税是否合理？

不合理。进项税长期大于销项税，说明购销倒挂，长亏不倒，肯定有问题。

2、应交增值税销项税减进项税为负数时怎么处理？

销项税减进项税为负数时，则应缴纳增值税为0。不用账务处理。