农村自建房目前还没有哪个部门验收。严格的意义上讲，建筑工程都是住建局管，但农村自建由于建设全过程都是自己负责没有纳入监管，所以验收没有部门组织负责。但可以委托监管验收。总之，谁监督管理验收谁负责，而且终身质量负责任喲。

自建房建造完成之后，是需要向当地的政府申请竣工验收的，到时候会有建设行政管理部门的工作人员进行现场查验，如果符合相关的建房规定，那么就会发放竣工验收合格证，并且归还建房的保证金。