交通违章没有缴纳罚款扣分不能清零根据《机动车驾驶证申领与使用规定》第六十九条：机动车驾驶人在一个记分周期内记分未达到12分，所处罚款已经缴纳的，记分予以清除；记分虽未达到12分，但尚有罚款未缴纳的，记分转入下一记分周期。交通违章网上12123缴纳罚款流程：

一、用手机下载并登录交管12123，注册并绑定本人机动车二、点击查看机动车违法违章三、点击查询，查看违章违法信息四、查看违法信息，输入验证码，点击确认缴费五、确认订单信息，选择支付方式（微信支付或者支付宝支付）

六、点击立即支付，输入支付密码支付（开通指纹支付的可以验证指纹支付）

七、12123提示缴款成功八、返回交管12123主页面，点击网办进度九、查看办理进度，已经违章处理完成罚款需要扣分的会扣除分数