在上海南站，有地铁一号线，是从莘庄开往富锦路方向之间来回运行的轨道交通线，地铁一号线是途经上海南站的。除了地铁一号线，上海南站还有地铁三号线，地铁三号线是在上海南站始发(终点)站，它是开往江杨北路方向之间来回运行的轨道交通线。

目前，又增加了地铁15号线，15号线是从顾村公园开往紫竹高新区方向之间来回运行的轨道交通线。

上海南站可以换乘地铁一号线和地铁三号线上海南站，石龙路站，漕宝路站

上海南站可以乘地铁1号线，往闵行莘庄和上海火车站的新客站方向。也可换乘地铁3号线的起点站，往杨浦区的江湾五角场方向。

又可换乘地铁15号线往闵行紫竹园高新区，向北往宝山区的顾村公园。

再通过4号线地铁可换乘许多条线路如2号，5号，7号，8号，9号，10号，12号，13号等等。