细菌屋不要泡在水里，鱼缸里面的鱼的食物残渣和粪便都会沾附在上面，影响培菌效果，而且鱼缸里放细菌屋作用有限，除非是同程底滤，所以还是放在过滤槽中最好这样子可以发挥出最大的效果。裸缸的鱼缸细菌屋通常都放在底缸、滤桶、上滤槽、背滤等地方，为硝化菌提供附生的面积，用来处理鱼便，但通常缸里的水泵也不是很容易就能把鱼便，抽到这些放细菌屋的滤地方的。

细菌屋等滤材是用来培养硝化细菌的。硝化细菌是好氧菌，必须在氧气充足的地方生长，直接泡缸底没任何卵用。

细菌屋最好不要直接放在鱼缸中，食物残渣和粪便都会沾附在上面，影响培菌效果，所以还是放在过滤槽中最好，细菌屋需要放在水族箱的过滤槽里，过滤槽滤材摆放顺序，水流下来后，首先经过过滤棉，然后再经过细菌屋，最后经过其它调水的滤材后再流回缸里。

可以泡在缸底。细菌屋在使用的过程当中也是可以直接泡在鱼缸底部的。但是如果这样使用培菌，效果会大打折扣。一般情况下不推荐这样使用。