福州金山寺曾经遭遇过洪水的情况。由于地处低洼区域，金山寺在过去的一些洪灾中遭受了不同程度的淹水。然而，随着时间的推移和城市基础设施的改善，目前金山寺已经采取了一些防洪措施，以减少洪水造成的影响。