云南大学还有四个国家级重点学科，包括民族学、生态学、专门史和微生物学。在教育部的第四轮学科评估中，云南大学有两个A类学科（其中民族学为A+，生态学为A-）和十四个B类学科。化学、植物学和动物学学科也进入了全球ESI排名前1%。