从经济类专业比，武汉大学肯定强于南京大学。这个，你看看2012年教育部学科评估理论经济学和应用经济学的评估得分和排序即可。 不过，对学校的认可度或知名度方面，南京大学要更好一些。这也是其录取分数线相对较高的原因。

个人觉得，选择经济类专业考虑武汉大学是不错的。但本科本身现在不好找工作，要注意争取保研或考研。PS：可把武大作为自己发展的一个平台。