南京理工大学的电子信息工程专业更好。

南京理工大学和深圳大学在电子信息工程专业方面都有较强的实力，但南京理工大学在该领域内的排名和声誉更高。

南京理工大学的电子信息工程专业在国内排名较高，尤其在人工智能、软件工程、网络工程等领域拥有很强的实力。深圳大学的电子信息工程专业也发展迅速，尤其在物联网、大数据等领域有很强的实力，但其与南京理工大学相比，可能在整体实力和声誉上稍逊一筹。