民办非营利学校利润由学习股东决定处理方式。

按照我国民办教育促进法的相关规定，民办非盈利学校通过办学获得的利润，由学校出资方选择按出资比例进行利润分配或者进行扩大办学规模再投资都属于出资方自行决定处理的事项，只要符合相关规定均可。

民办非营利学校的利润是用来改善学校的环境，改善学生的生活水平和改善学生的学习环境