巫峡镇辖原龙井乡绿水、青山、春泉、龙山、文峰、桂花、七星、新路、白泉、白水、陈家、红庙、石里村和原巫峡镇柳树、西坪、平安、东岗、跳石村及南陵社区，共18个村、1个社区。

原巫峡镇集仙、飞凤、松峦、上升、朝云、登龙、神女、起云、圣泉、翠屏、净坛11个社区划归新设立的高唐街道管辖。原巫峡镇聚鹤社区、龙江村和原龙井乡的龙水、梨早村划归新设立的龙门街道管辖。