南京地铁的主管是南京市共用事业局，属于交通局部门。

《南京地铁总公司》及直属分公司的性质，《南京地下铁道有限责任公司》简称《南京地铁总公司》，官方称谓为《南京地铁指挥部》，是南京（市委）市政府直属的一个正局级行政机构（机关）。其主管南京市境内所有市属轨道交通的建设、运营以及相关产业实业开发。

南京地铁属于南京市公共交通事业