村委会是没有权利罚款。农村建房如果是层次超高的话，比方说批两层建三层，那乡镇主管部门可能会罚款。但是农村建房一般不会超高，都是自建自住的，最高也就做四层，按照农村一般建房的操作规程和材料建四层没有多大问题，也不会存在安全隐患。如果再超高就不行了，那操作规程和建筑费用就不一样了。因此大部分农村自建房不会超过四层。

超高由市县规划行政主管部门，委托乡镇村镇建设办公室进行处罚。