学校前身为创办于1866 年的中国近代官办第一所高等实业学堂——福建船政学堂。

1994年福建船政学校搬迁至仓山，后合并到福建交通职业技术学院；

1999年由原福建交通学校、福建船政学校、福建交通干部学校、福建省公路技工学校四所学校合并升格而成；

2006年12月，被教育部、财政部确定为全国首批28所“国家示范性高等职业院校”建设单位之一；

2009年12月，顺利通过了教育部和财政部组织的“国家示范性高等职业院校”项目验收；

2011年6月28日，福建交通职业技术学院更名为福建船政交通职业学院。