根据香港海关的规定，每名过境旅客只能携带一部自用手机，因此携带两部自用手机过境香港海关是不允许的。如果被发现携带超过一部手机，海关可能会要求旅客进行申报并缴纳相应的税费，或者可能会没收多余的手机。因此，建议过境旅客在进入香港前仔细了解和遵守香港海关的规定，以避免不必要的麻烦。