《乡村建设规划许可证》与《国有土地使用证》的主要区别在于它们的用途、颁发部门以及颁证的对象等方面：

作用不同：《乡村建设规划许可证》主要用于管理建设项目的位置、性质和使用目的；而《国有土地使用证》则用于确认建筑物或构筑物的所有权人在法律上取得了土地使用权。

颁发的部门不同：《乡村建设规划许可证》通常由规划部门颁发；相比之下，《国有土地使用证》则由国土部门（即现在的自然资源部门）颁发。

颁发的对象不同：《乡村建设规划许可证》颁发给建设单位或个人，以确保建设项目符合规划和相关标准；《国有土地使用证》则颁发给产权单位的代表或个人，用以证明土地使用权已经合法登记并受到法律保护。

领取时间不同：《乡村建设规划许可证》通常在建设项目开始之前领取；而《国有土地使用证》则在建设项目完成后领取，通常是项目建成后的一段时间内。

综上所述，两者虽然都是涉及土地使用的证件，但它们的管理范围、颁发机构以及所针对的对象都有显著差异。