需要根据具体情况进行区分。如果业主方与承包方签订了固定合同，则按照合同约定的工程款支付比例和时间进行记账。如果业主方与承包方签订的是临时协议，则需要根据协议约定的付款条件进行记账。在做账时，应当将业主方支付的工程款记入公司的银行账户，并且在会计账簿上明确记录每一笔款项的来源、用途和时间，以便于财务管理和审计。此外，还需要留存好相关的发票、收据和合同等重要文件。需要注意的是，业主方支付的工程款必须在税务部门进行报税，具体操作可以参照财务部门的相关规定。

支付工程款业务会计分录如下: 借:在建工程, 贷:银行存款。