菏泽的行政区是政府的一级单位，如牡丹区、定陶区等有党委（区委)和人民政府以及人大常委会和政治协商委员会；而功能区不是一级政府，是一个经济技术开发区的功能区，是没有党委和人民政府以及人大、政协的，党委为党工委、功能区的管理单位为管委会，人大政协则称为人大工委和政协工委。