楼顶消防水箱漏水时，首先应确定漏水原因及责任主体，再根据具体情况确定补偿方式。如果是由于施工质量或材料问题导致漏水，则由施工单位或材料供应商承担赔偿责任。如果是由于使用不当或维护不当导致漏水，则由使用单位承担赔偿责任。如果是由于不可抗力因素导致漏水，则一般不需承担赔偿责任。