门诊CT农合报销的具体操作如下：

首先，确保所选医疗机构与新农合有合作关系，以便享受直接报销服务。若医疗机构不支持直接报销，需先自行支付费用，并妥善保管好发票、诊断证明等相关凭证。

随后，前往当地新农合管理部门或医保办，提交报销申请及相关凭证。管理部门会审核材料并核算报销金额，最后将报销款项打入个人银行账户。在操作过程中，注意遵守新农合的相关规定和流程，确保报销顺利进行。