更厚的沙层有可能产生有毒物质硫化氢）。由于砂层较薄，不可能形成大规模的低氧区，无法培养厌氧的反硝化细菌。因此，沙床中的氮循环并不完整，最终产物是NO3。

这些聚集在沙床中的NO3，只有通过扩散作用再次进入水体，在水流的带动下输运到有反硝化细菌聚集的活石和厚沙中才能被最终转化，因而增加了NO3在水体中的停留时间。

此外，为了避免扬沙，铺沙主缸的底层水流通常不很充分，这也为NO3和有机碎屑的堆积提供了条件。所以铺沙确实会对系统的处理能力提出更高的要求。客观的说，没有底砂的裸底缸确实更容易获得“成功”。