早退两分钟是按照工作时间计算的。如果员工在规定的工作时间内提前离开了两分钟，这两分钟的工作时间将被认为是未完成的工作时间。

例如，如果员工的工作时间是从9:00到17:00，但是提前于16:58离开了工作岗位，那么这两分钟将被认为是早退时间，而且员工没有完成规定的工作时间。对于员工而言，早退会影响其出勤率和绩效考核，因此，员工应该尽量避免早退，确保完成规定的工作时间。

公司制度各不相同，扣钱是肯定的